选择菜单栏的window-->Preferences-->General-->Startup and Shutdown-->workspaces，
Recent workspaces下面的列表里就是已经设置过的工作区间。如果要删除已不用的，选中，点remove就好了。
如果之前选择不再提示，默认使用本工作区，在启动时想重新选择，
把右面的第一个复选框“Prompt for workspace on startup选上就可以了。
Number of recent workspaces to remember这个意思是最多记录几个工作区间。
具体见下图
Eclipse启动项目时，删除workspaces无用的工作区间
原文：http://www.cnblogs.com/azhqiang/p/4712793.html