目前我没使用到tomcat，仅java项目。
设置如下：
1.从 Intalled JREs里修改；
window->Preferences->Java->Installed JREs，选择当前的JRE，然后edit它；在新窗口里设置Default VM Arguments为 -Xms128M -Xmx512M即可；
这个设置应该对所有的工程都有效；
2．如果仅仅是想对某个工程的有效的话，从Debug... 或Run...里修改，在(x)=Arguments里设置和上面相同的参数即可；
3.window->Preferences->Application Servers->Tomcat->Tomcat 6.x，选择JDK设置即可。
myeclipse 下面设置办法：
Window-->Preference-->MyEclipse-->ApplicationServers-->Tomcat-->Tomcat
4.x-->JDK-->Optional Java VM arguments
下填上: -Xms100m -Xmx200m -XX:PermSize=256m -XX:MaxPermSize=600m
eclipse下java.lang.OutOfMemoryError：Java heap space
原文：http://www.cnblogs.com/lixin1992/p/4809335.html