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如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

时间:2015-09-17 21:35:07      阅读:216      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

用 python 实现如下:

 1 #!/usr/bin/python
 2 # Complementing DNA
 3 
 4 my_dna = "ACTGATCGATTACGTATAGTATTTGCTATCATACATATATATCGATGCGTTCAT"
 5 # 由于python 区分大小写,所以先替换成小写可以有效避免后面重复替换的问题。
 6 complement_AT = my_dna.replace("A","t")
 7 complement_TA = complement_AT.replace("T","a")
 8 complement_GC = complement_TA.replace("G","c")
 9 complement_CG = complement_GC.replace("C","g")
10 # 把所以小写变为大写即可。
11 complement_DNA = complement_CG.upper()
12 reverse_complement_DNA = complement_DNA[::-1]  # str[::-1] used to reverse the string
13 
14 print(complement_DNA)
15 print(reverse_complement_DNA)

运行结果:

ubuntu$ python3 complement_py3.py 
TGACTAGCTAATGCATATCATAAACGATAGTATGTATATATAGCTACGCAAGTA
ATGAACGCATCGATATATATGTATGATAGCAAATACTATACGTAATCGATCAGT

 

如何得到给定序列的互补序列以及反向互补序列

原文:http://www.cnblogs.com/OA-maque/p/4817600.html

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