tophat -p 4 -G filter.gtf \
-o /SRR222 \
/index \
SRR222.fastq
tophat -p 4 -G filter.gtf \
-o /SRR222 \
/index \
SRR717.fastq,SRR718.fastq
tophat -p 4 -G filter.gtf \
-o /SRR222 \
/index \
SRR669_1.fastq \
SRR669_2.fastq
Usage:
tophat [options] <bowtie_index> <reads1[,reads2,...]> [reads1[,reads2,...]] \
[quals1,[quals2,...]] [quals1[,quals2,...]]
Usage:tophat [options]* <genome_index_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]
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原文：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4870177.html