在MySQL数据库中，如果不指定innodb_file_per_table参数来单独存在每个表的数据，MySQL的数据都会存放在ibdata1文件。
mysql ibdata1存放数据，索引等，是MYSQL的最主要的数据源。
随着数据的增长，ibdata1的存储的数据也会越来越多，相应的体积也会越来越大。并且郁闷的是，当你删掉一些数据时，ibdata1的体积并不会减少。造成磁盘空间的浪费，影响磁盘的I/O性能。
下面介绍一下如何缩小ibdata1的体积
1、备份数据库
无论做什么修改，先备份总是一个好习惯。
假设我有一个数据库‘leon_database‘
mysqldump -q -uusername -pyourpassword leon_database > /备份的路径/leon_database.sql
2、删除数据库
drop table leon_database;
3、删除ibdata1文件和ib_logfile*文件
4、创建新的数据库leon_database，并导入备份好的/备份的路径/leon_database.sql
mysql -uusername -pyourpassword leon_database < /备份的路径/leon_database.sql;
4.5、如果想使用独立表空间，那么可以在my.cnf（路径一般是/etc/my.cnf）中增加一行；如不需要，则跳过这一步。
innodb_file_per_table = 1 #1表示开启，0表示关闭
5、重启mysql服务。
service mysqld restart
原文：http://www.cnblogs.com/mityaya/p/4901175.html