目前碰到过两种原因导致Time out after 300 secs。
1. 死循环
这是最常见的原因。显式的死循环很容易定位，隐式的死循环就比较麻烦了，比如正则表达式。曾经用一个网上抄来的邮箱正则表达式匹配百亿条数据，最终导致一个map阶段的attempt频繁超时重试，最后自己重写了一个简化版的表达式，问题解决。
2. 节点崩溃
这种比较少见，而且一般会出现在reduce阶段。因为map阶段的中间结果是保存在计算节点本地的，因此数据只有单一备份。如果reduce阶段时某个节点崩溃，会导致reduce计算节点无法获取该map节点的数据，造成Bad response ERROR for block。解决办法很简单，重新跑一次就好了。
补充：如果允许丢掉部分异常数据的话，可以设置 mapreduce.map.skip.maxrecords 和 mapreduce.reduce.skip.maxgroups 两个参数，分别表示map阶段可以跳过的最大错误记录数和reduce阶段可以跳过的最大错误组数。
MapReduce超时原因（Time out after 300 secs）
原文：http://www.cnblogs.com/rouge/p/4942736.html