比较常规的两种结构：
1.主目录按照业务分类，内目录按照模块分类(主目录按照MVC架构分类，内部根据项目模块分类)
优点：相对比较快定位对应的业务。
缺点：模块相关类太过分散，需要来回切换寻找文件，不方便开发。
2.主目录按照模块分类，内目录按照业务分类
优点：对模块的类集中化，方便管理与开发。
缺点：当几个模块共用一些类时，不太好归类。
比如简书iOS程序目录分类(非官方)：
1.主目录按照业务分类，内目录按照模块分类
2.主目录按照模块分类，内目录按照业务分类
原文：http://www.cnblogs.com/LazyDuan/p/4950957.html