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Procrustes analysis

时间:2015-11-13 22:15:00      阅读:506      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

适用:

(宿主的进化和菌体群落是否存在对应关系?)

数据要求:

词源

Procrustes,

原始古希腊神话里的一个强盗,大力士。他把人抓来之后放在一个铁床上,不符合床的大小就将将人拉伸或剁其头颅手脚,有点中国古语削足适履的意思。

技术分享

图片来源(https://themossreports.files.wordpress.com/2010/12/procrustes1.jpg)

Procrustes analysis分析手段

R

library(vegan)>procrustes ()函数

Function procrustes rotates a configuration to maximum similarity with another configuration.

Function protest tests the non-randomness (‘significance’) between two configurations.

Procrustes analysis用于比较两个形状的相似性,将其中一个形状进行旋转以获得与另一个形状的最大相似度。

 

相近分析方法:

Mantel test

Reference:

http://mb3is.megx.net/gustame/other-methods/procrustes-analysis

 Null hypothesis The degree of concordance between two (or more) matrices is no greater than expected given random inter-matrix associations.

http://jackson.eeb.utoronto.ca/procrustes-analysis/

 

Procrustes analysis

原文:http://www.cnblogs.com/bioSci/p/4963278.html

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