解决办法：
依次点击Windows-->Preferences-->Myeclipse-->Files and Editors-->JavaScript-->Editor-->Syntax Coloring至此点击右边的Background-->Script block设置颜色为你jsp页面的背景色或者深一点的颜色问题就解决了，也可以设置成跟背景色不一样的深色，这样找script代码的时候更方便。
参考：
myeclipse 使用 color theme javascirpt背景发白
原文：http://www.cnblogs.com/a-ray-of-sunshine/p/5035006.html