1、在PubMed数据库检索相关的文献。
2、将数据结果保存为Medine格式数据。（Medine数据格式是医学上用于记录患者的患病机理等的方式）。保存过程如图。
3、将data用MMTx数据处理；（MMTx句段分割软件，比如Beijing is a beautiful city．可以分割成Beijing、beautiful、city等 ）。运行MMTx需要预先安装好java，java具体环境配置自己百度。
配置MMTx：
（1）、将MMTx软件解压到E盘根目录
（2）、调价MMTx环境配置。打开如下目录：E:\MMTx\nls\mmtx\bin。将目录添加到path。
4、用矩阵提取数据结果。
矩阵采用提取“Pathologic Function”关键字和“Gene or Genome”出现的次数。
在编译程序前需要更改Java程序，矩阵的路径：E:\MMTx\medline。
String inputFileName = "path/in.txt";
String outputFileName ="path/out.xls";
输出文件的格式可以修改，建议使用xls格式，方便后面的统计。
以上统计出得结果就是病理、基因、研究热度。接下来就可以做更深入的分析了。
原文：http://www.cnblogs.com/daimakun/p/5053094.html