1.对于长度大于50bp的reads，bowtie2更精确；而小于50bp的reads，bowtie1更精确更快速
2.bowtie2支持的reads长度没有上限，当然reads长度在50~1000bp为宜；而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp
3.bowtie2的对比支持gap，而bowtie1不支持
4.bowtie2可以支持局部比对，而bowtie1不支持
5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N，而bowtie1不支持
原文：http://www.cnblogs.com/daimakun/p/5145862.html