System.currentTimeMillis()返回的毫秒，这个毫秒其实就是自1970年1月1日0时起的毫秒数。
System.nanoTime()返回的是纳秒，nanoTime而返回的可能是任意时间，甚至可能是负数。
System.currentTimeMillis调用的是native方法，使用的是系统的时间，每个JVM对应的应该是相同的，但因为具体的取值依赖于操作系统的实现，不同JVM间可能会有略微的差异。
System.nanoTime每个JVM维护一份，和系统时间无关，可用于计算时间间隔，比System.currentTimeMillis的精度要高。
修改了系统时间会对System.currentTimeMillis造成影响，而对System.nanoTime没有影响。修改系统时间后会有如下效果：Timmer有影响，Thread.sleep有影响，ScheduledThreadPoolExecutor无影响，可以查看方法的实现调用的是System.currentTimeMillis还是System.nanoTime。
java修改系统时间：
1.windows环境下：
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c date 2013-05-06");//Windows 系统
Runtime.getRuntime().exec("cmd /c time 22:35:00");//Windows 系统
2.linux环境下：
Runtime.getRuntime().exec(" sudo date -s 2013-05-06")//linux 系统为tomcat用户分配了权限
Runtime.getRuntime().exec(" sudo date -s 22:25:00")//linux 系统为tomcat用户分配了权限
Linux上获取的时间不正确，总是相差几小时考虑时差的问题，修改/etc/sysconfig/clock。
原文：http://www.cnblogs.com/lnlvinso/p/5191446.html