git add -a 或 git add *
它能stages所有文件，包括之前删除的痕迹
git add .
只能stages新文件和被修改的文件,不会stages已被删除的文件
步骤如下：
1) 本地手动删除文件或文件夹
2) 打开终端，cd到本地工程仓库路径
3) 输入命令行 "git add ." 添加新文件和被修改文件
4) "git status" 查看一下被删除的文件是不是成功，成功删除会显示绿色
5) 确定之后，"git commit"
6) "git push"
ps：这种办法的好处就是想对简单一些，比起“clone到本地，然后再删除重建远程分支”的办法简单一些。
原文：http://www.cnblogs.com/yidoucai/p/5293194.html