首先需要一个远程控制工具：
这里使用 VNC，网上下载破解版，安装。
开启 linux 的 VNCserver，开启了之后，linux上会显示节点和端口，用于Windows端的连接。
运行 VNC 客户端里的 IGV.sh 开启可视化程序。
载入参考基因组数据
载入排序后的bam文件
BWA出来的sam文件无法直接被 IGV 利用的，必须经过 samtools 处理后才能被 IGV 显示出来。
samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam
samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted
samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai
samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt
wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt
更多的使用细节参照 samtools 使用方法。
VNC 需要调节分辨率
IGV 需要设置内存,在看大型基因组时很吃内存.
参考资料:
IGV软件使用指南(博客)
原文：http://www.cnblogs.com/leezx/p/5603481.html