弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中存在超过两个等位基因在一个SNP位点上，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因的，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。
用到命令：--min-alleles 2 --max-alleles 2
具体如下 ：
software/vcftools-vcftools-490848f/src/cpp/vcftools --vcf /to/your/pathway/your.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink-tped --out /to/your/pathway/file
“file”是指你想保存的文件命名。
haploview出现“more than two alleles”的解决方法
原文：http://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/5855278.html