可参考：http://www.penglixun.com/tech/database/mysql_timeout.html
下面内容摘取自上面这个链接。
connection_timeout,只是设置登录超时间，默认10s;如果在10s内未获取连接，则报错： Lost connection to MySQL server at ‘XXX’, system error: errno.
在网络不好时可适当增加此参数的值。
wait_timeout/interactive_timeout, 这两个参数一般设置为一致，wait_timeout指连接在Sleep多长时间后关闭，interactive_timeout是active后多长时间关闭，合理设置该值，可减少Mysql空连接，以提升其性能。
net_read_timeout/net_write_timeout,数据库等待接收客户端发送网络包和发送网络包给客户端的超时时间.
innodb_lock_wait_timeout,是innodb 引擎在执行Sql时遇到锁等待的超时间，默认50s,只适用于row lock,而不适用于table lock.如果超时，则放弃执行该事务。
原文：http://www.cnblogs.com/itdev/p/5960927.html