区别主要有以下几点：
（1）构成上，MyISAM的表在磁盘中有三个文件组成，分别是表定义文件(.frm)、数据文件(.MYD)、索引文件(.MYI)，而InnoDB的表由表定义文件(.frm)、表空间数据和日志文件组成。
（2）安全方面，MYISAM强调的是性能，其查询查询效率较高，但不支持事务和外键等安全性方面的功能，而InnoDB支持事务和外键等高级功能，查询效率稍低。
（3）对锁的支持，MyISAM支持表锁，而InnoDB支持行锁。
原文：http://www.cnblogs.com/usa007lhy/p/5971789.html