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vcf-tools 笔记

时间:2016-11-08 08:03:33      阅读:377      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

vcf-query:

通过 vcf-query 提取DP (reads depth).

~/zengs/Tools/vcftools/perl/vcf-query -f ‘%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT\t%INFO/DP\n‘ my.vcf | awk ‘{if($1==1) print  $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5 }‘  > my.vcf.DP

  

vcf-tools 笔记

原文:http://www.cnblogs.com/jluzhsai/p/6041373.html

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