santools可以作为文本查看工具，查看比对结果文件，下面做一简单介绍：
1. 通过BWA比对获取sam比对文件，也可以将fastq文件转化为bam/sam文件；
2. 转换sam文件为bam文件，samtools view -bS seq.sam > seq.bam
3. 对bam文件进行排序，samtools sort seq.bam -o seq.sorted.bam
4. 对bam文件进行index，samtools index seq.sorted.bam
5. 查看比对结果文件，samtools tview seq.sorted.bam ref.fasta
注：
所有的帮帮助说明都可以在官方网站查阅：
http://www.htslib.org/doc/samtools.html
https://github.com/samtools/hts-specs
[samtools] 文本查看语法，浏览SNP/INDEL位点
原文：http://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/6057311.html