这是个权限问题。
直接打开一个文件的话，或者没有使用sudo打开一个文件时，是当前用户在使用gedit，而gedit是属于root的，所以不能修改gedit，
在/home/your uesrname/.config/gedit 地方，使用chown命令修改为所属用户，获得权限即可
sudo chown YOUR_USERNAME /home/YOUR_USERNAME/.config/gedit
原帖：http://askubuntu.com/questions/489453/manage-external-tools-not-popping-up-dialog
ubuntu gedit 工具菜单下没有 Manage external tools
原文：http://www.cnblogs.com/zhaofenqiang/p/6091661.html