用过的比对软件不多，只知道简单的全局比对和局部比对算法，比对软件的原理基本是不知道的。
现在用过的比对软件：
bwa
bowtie
blasr
blast
blat
慢慢积累，比较这些软件的不同，因为生物信息最底层的就是比对，测序拿到一堆序列，第一件要做得事情就是比对。
先看一篇好文：Aligner tutorial: GMAP, STAR, BLAT, and BLASR
比对软件 - 总结
原文：http://www.cnblogs.com/leezx/p/6100667.html
