问题： 在同步项目时，由于误操作将classes文件夹加入到了同步版本中，这样会导致每次更新程序编译后，会有很多class文件显示在同步清单中。
解决方案： 将classes文件不设置为同步。
1. 默认classes文件夹在eclipse中是隐藏的，在eclipse中如何显示classes文件夹。
Project Explorer -> 三角(View Menu) ->Customize View.. 然后将右边图中java output folders 勾去掉即可。
2. 如何设置classes文件夹不同步
先右键直接删除该文件夹。删除后变成右边带有叉图标的形状。
这时候提交这个同步信息到服务器，同步完成后，服务器上对应的文件夹classes也删除掉了。
此时看本地的文件夹没有打同步标记，也没有叉图标了。这时候再将该文件夹设置为隐藏，避免下次再同步进来。
原文：http://www.cnblogs.com/30go/p/6194413.html