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Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法

时间:2016-12-22 18:53:04      阅读:1256      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:

Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101

解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT

可成功运行

Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法

原文:http://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6211922.html

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