WebSite与WebApplication的区别
1、新建网站 会将网站生成许多个随机命名的程序集。Web应用程序只会生成一个程序集。
2、新建网站只要Aspx页面和Ashx页面创建好之后，在请求的时候自动帮我们编译。Web程序在访问之前需要先生成在访问。
3、WebSite动态编译页面，马上可以看到变化，不需要编译整个站点（主要优势）。Web程序需要编译。
4、新建网站 需要把类全部放到App_Code文件夹中。WebApplication不需要。
5、Website没有命名空间。
6、可以把一个目录当做一个Web应用去处理，直接复制文件就可以发布，不需要项目文件。
WebApplication的好处
可以将网站拆分成多个小项目便于管理，更强大的代码检查功能，并且策略受到源代码的管理。
总之：大的项目适合用WebApplication，小的网站适合用Website做。
网站请求编译过程
ASP.NET — WebSite和WebApplication的区别 网站请求编译过程
原文：http://www.cnblogs.com/whbk/p/6384019.html