web application 会把所有的代码编译打包成单一的库文件（.dll）。
web site 不会对整个的代码进行编译，在运行时须要哪一段代码就编译哪段代码。这导致web site 上线后，如果需要更改某段代码，就可以直接更改，更改后不需要重新编译。而web application一旦有代码修改，就须要重新编译，生成一个完整的dll，再发布。其它脚本语言，如php,没有单独的项目文件，web site这一点与php相似，web site这样做有利于其它语言下的开发者能平滑过渡到.net开发。
.net web site 和 web application 的区别
原文：http://www.cnblogs.com/rockywood/p/6388953.html