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1. 成对HMM用于双序列比对的基本思想：
2. 状态转移矩阵：
3. 成对HMM的完整描述：
4. 成对HMM的Viterbi算法：
成对HMM（Pair HMMs）用于双序列比对--转载
原文：http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6416530.html
