bowtie2的功能：短序列的比对
用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>]
-x <bt2-idx>：参考基因组的索引路径
{-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>}：比对的reads路径。-1，-2是针对PE reads；-U是针对SE reads（unpaired）
[-S <sam>]：输出文件路径
常用options：
-q：输入文件为.fastq格式，默认选择。
-f：输入文件为.fa/.mfa文件
--end-to-end entire read must align; no clipping (on) #比对是将整个read和参考序列进行比对. 该模式--ma的值为0，与--local 是非彼即此关系，默认选择。
--local local alignment; ends might be soft clipped (off) #该模式下对read进行局部比对, 即read两端的一些碱基不比对，使比对得分满足要求. 该模式下–ma默认为2. 与--end-to-end 是与非彼即此关系，默认缺省。
参考文章：
http://bio-infor.blog.163.com/blog/static/1072798152014397554959/
原文：http://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/7103746.html