wget wget https://github.com/rdpstaff/RDPTools/archive/2.0.2.tar.gz
java -jar /home/panrf/Softwares/RDPTools/FrameBot.jar framebot
-o ./test
-l 1
-i 0.8
-N fungene_9.0_nifH_1989_unaligned_protein_seqs.4Analysis.fasta
input.fasta
备注: -o 指定输出结果的前缀，-l 指定氨基酸过滤的长度，i 指定比对的相似度，-N 指定功能基因对应的数据库， input.fasta 为输出的DNA序列
输出结果：
输出5个文件：
test_corr_nucl.fasta : 翻译成功的DNA序列
test_corr_prot.fasta ： 翻译成功的蛋白质序列
BL18_failed_nucl.fasta ： 翻译失败的DNA序列
test_framebot.txt ： 翻译成功的DNA序列的比对情况
test_failed_framebot.txt ： 翻译失败的DNA序列的比对情况
test_framebot.txt ： 内容如下：
> Target Query NuclLen AlignLen %Identity Score Frameshifts Reversed
STATS 38256851 7001453_297_HC7NJBCXY_1_1114_2435_5316;barcodelabel=BL18;size=5; 318 106 99.057 530 0 false
Target 33 TRLILHAKAQDTILSLAAEAGSVEDLEIEDVMKIGFRDIRCVESGGPEPGVGCAGRGVIT 92
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Query 1 TRLILHAKAQDTILSLAAEAGSVEDLEIEDVMKIGFRDIRCVESGGPEPGVGCAGRGVIT 60
Frame 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
ACCACCGAGCGAACTCGGGGGTGGGCGAGGGAAAGTCGACTGGTGGCGCGGGTGGCGGAA
CGTTTACACAACTTCTCCACGCTAATATAATTATGTGATGGTACGGCACGTGGCGGGTTC
GGGCGCCGCGCCCGGGCCACCGGGCGGCGCCGGCCCCCCCCGGCTCGGGCGCCCCTCGCG
Target 93 SINFLEENGAYDGVDYVSYDVLGDVVCGGFAMPIRENKAQEIYIVM 138
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Query 61 SINFLEENGAYEGVDYVSYDVLGDVVCGGFAMPIRENKAQEIYIVM 106
Frame 1111111111111111111111111111111111111111111111
TAATCGGAGGTGGGGTGTTGGCGGGGTGGTGACACGAAGCGATAGA
CTATTAAAGCAAGTAATCAATTGATTGGGTCTCTGAAACAATATTT
GCCCGAACCCTACGCCCCCCGGCCGGCCCTCGCCCGCGCGGCCCCG
表头注释：
Target : 数据库中的序列 38256851
Query : 查询序列 7001453_297_HC7NJBCXY_1_1114_2435_5316;barcodelabel=BL18;size=5;
NuclLen : 核酸序列长度 318
AlignLen : 比对上的序列长度 106
%Identity : 比对的相似度 99.057
Score : 比对的打分 530
Frameshifts : 移码 0
Reversed : 是否相反 false, 输入序列的氨基酸和数据库中的氨基酸序列是否反向互补
利用FrameBot 翻译氨基酸序列时， 首先将输入的核酸序列翻译成氨基酸，然后去和数据库中的氨基酸进行blast比对，如果该氨基酸长度大于预先设置的的长度阈值，而且比对的相似度大于预先设置的相似度的阈值，则输入序列成功翻译；
不同物种某个特定功能基因的氨基酸序列还是有很大差异的，如果一条核酸序列对应的氨基酸符合长度过滤的条件，但是由于和数据库中的氨基酸序列差异都较大，导致比对的相似度很低，也是翻译不成功；
从这个过程可以看到，数据库质量的好坏决定了输入序列能否翻译成功，对于功能基因而言，我们通常从FunGene 数据库下载对应的数据。
