1.通常我们在IDE运行的时候 web项目默认部署在项目指定的工作空间上
2.在Eclipse中的最底下的Servers视图，将所有部署的项目移除
3、在“Server Locations”处选择“Use Tomcat installation”，可以清楚的看到默认是“Use Workspace metadata”，即上边所说的目录。然后在Deploy的path处写上webapps即可，如下图所示：
修改完成之后，保存即可。这样以后的项目都会发布到tomcat下的Webapps下了。
注意：在Eclipse中，用这种方式发布Web项目，会将原先服务器的conf文件夹被分成为backup文件夹，自己新建立一个文件夹，来作为配置Eclipse发布的Web项目。所以还是要使用MyEclipse编写Java Web项目。
原文：http://www.cnblogs.com/liandy0906/p/7215552.html