profile = "Pos;H3K27ac;CTCF;Enhancer;H3K4me3;polII
-5000;8.7;10.7;11.7;10;8.3
-4000;8.4;10.8;11.8;9.8;7.8
-3000;8.3;10.5;12.2;9.4;7
-2000;7.2;10.9;12.7;8.4;4.8
-1000;3.6;8.5;12.8;4.8;1.3
0;3.6;8.5;13.4;5.2;1.5
1000;7.1;10.9;12.4;8.1;4.9
2000;8.2;10.7;12.4;9.5;7.7
3000;8.4;10.4;12;9.8;7.9
4000;8.5;10.6;11.7;9.7;8.2
5000;8.5;10.6;11.7;10;8.2"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, row.names=1, quote="",sep=";")
# tab键分割，每列不加引号
write.table(profile_text, file="line_data.xls", sep="\t", row.names=T, col.names=T,quote=F)
# 如果看着第一行少了ID列不爽，可以填补下
system("sed -i ‘1 s/^/ID\t/‘ line_data.xls")
profile = "Pos;variable;value;set
-5000;H3K27ac;8.71298;A
-4000;H3K27ac;8.43246;A
-3000;H3K27ac;8.25497;A
-2000;H3K27ac;7.16265;A
-1000;H3K27ac;3.55341;A
0;H3K27ac;3.5503;A
1000;H3K27ac;7.07502;A
2000;H3K27ac;8.24328;A
3000;H3K27ac;8.43869;A
4000;H3K27ac;8.48877;A
-5000;CTCF;10.6913;A
-4000;CTCF;10.7668;A
-3000;CTCF;10.5441;A
-2000;CTCF;10.8635;A
-1000;CTCF;8.45751;A
0;CTCF;8.50316;A
1000;CTCF;10.9143;A
2000;CTCF;10.7022;A
3000;CTCF;10.4101;A
4000;CTCF;10.5757;A
-5000;H3K27ac;8.71298;B
-4000;H3K27ac;8.43246;B
-3000;H3K27ac;8.25497;B
-2000;H3K27ac;7.16265;B
-1000;H3K27ac;3.55341;B
0;H3K27ac;3.5503;B
1000;H3K27ac;7.07502;B
2000;H3K27ac;8.24328;B
3000;H3K27ac;8.43869;B
4000;H3K27ac;8.48877;B
-5000;CTCF;10.6913;B
-4000;CTCF;10.7668;B
-3000;CTCF;10.5441;B
-2000;CTCF;10.8635;B
-1000;CTCF;8.45751;B
0;CTCF;8.50316;B
1000;CTCF;10.9143;B
2000;CTCF;10.7022;B
3000;CTCF;10.4101;B
4000;CTCF;10.5757;B"
profile_text <- read.table(text=profile, header=T, quote="",sep=";")
# tab键分割，每列不加引号
write.table(profile_text, file="line_data_melt.xls", sep="\t", row.names=T, col.names=T,quote=F)
# 如果看着第一行少了ID列不爽，可以填补下
system("sed -i ‘1 s/^/ID\t/‘ line_data_melt.xls")
使用正常矩阵默认参数绘制个线图
# -f: 指定输入的矩阵文件，第一列为行名字，第一行为header。列数不限，列名字不限；行数不限，行名字默认为文本 # -A FALSE: 指定行名为数字 sp_lines.sh -f line_data.xls -A FALSE
# -l: 设定图例的顺序 # -o TRUE: 局部拟合获得平滑曲线 # -A FALSE: 指定行名为数字 # -P: 设置legend位置，相对于原点的坐标 # -x, -y指定横纵轴标记 sp_lines.sh -f line_data.xls -l "‘CTCF‘,‘Enhancer‘,‘polII‘,‘H3K4me3‘,‘H3K27ac‘" -P ‘c(0.8,0.3)‘ -o TRUE -A FALSE -x ‘Up and down 5 kb of TSS‘ -y ‘Relative density‘
# -A FALSE: 指定行名为数字 # -V ‘c(-1000, 500)‘: 设置垂线的位置 # -D: 设置垂线的文本标记，参数为引号引起来的vector，注意引号的嵌套 # -I: 设置横轴的标记的位置 # -b: 设置横轴标记的文字 sp_lines.sh -f line_data.xls -A FALSE -V ‘c(-1000,500)‘ -D "c(‘+1 kb‘,‘-0.5 kb‘)" -I "c(-5000,0,5000)" -b "c(‘-5 kb‘, ‘TSS‘, ‘+5 kb‘)"
# -f: 指定输入文件 # -m TRUE: 指定输入的矩阵为melted format, 三列，第一列为Pos (给-a) # 第二列为variable (给-H，-H默认即为variable) # 第三列为value，名字不可修改 # -A FALSE: 指定行名为数字 # -P ‘c(0.8,0.2)‘: 设置legend位置，相对于原点的坐标 sp_lines.sh -f line_data_melt.xls -a Pos -m TRUE -A FALSE -P ‘c(0.8,0.2)‘
# -C: 自定义线的颜色 sp_lines.sh -f line_data_melt.xls -a Pos -m TRUE -A FALSE -P ‘c(0.8,0.2)‘ -o TRUE -V ‘c(-1000,500)‘ -D "c(‘+1 kb‘,‘-0.5 kb‘)" -I "c(-5000,0,4000)" -b "c(‘-5 kb‘, ‘TSS‘, ‘+4 kb‘)" -x ‘Up 5 kb and down 4 kb of TSS‘ -y ‘Relative density‘ -C "‘pink‘, ‘blue‘"
原文：http://www.cnblogs.com/freescience/p/7454686.html