在一个结构中保存了b-tree索引和数据行；按照主键的顺序存储在叶子页上；
主键索引：叶节点存储（主键数据：所有剩余列数据）
二级索引（非聚簇索引）：叶节点存储（索引列数据：主键数据）
非叶节点只存储 索引列
优点：
可以把相关数据保存在一起，如根据用户id聚集电子邮箱信息，只需要读取少数的数据页就能获取某个id用户的全部邮件；
数据访问更快，将索引和数据保存在同一个b-tree中；
使用覆盖索引扫描的查询可以直接使用页节点中的主键值；
缺点：
插入速度严重依赖于插入顺序，按照主键的顺序插入是加载数据到innodb表中速度最快的方式；
插入新行可能面临页分裂的问题，页分裂导致表占用更多磁盘空间；
通过二级索引需要两次查找，存储引擎找到二级索引的叶子节点获得对应的主键值，根据这个值去聚簇索引中找到对应的行
主键：
如果表没有什么数据需要被聚集（如上述邮件用户id），那么可以定义一个代理键作为主键，使用auto_increment自增列；
非聚集索引（MyISAM使用B+Tree作为索引结构）
按照数据插入顺序存储在磁盘上，访问数据需要一次系统调用；
主键索引/二级索引：叶节点存储（索引列数据：数据在磁盘上的行号）
对比：
InnoDB提供事务支持事务，外键等功能；MyISAM不支持。
InnoDB支持行级锁；MyISAM只支持表级锁
InnoDB要求必须有主键；MyISAM允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。
覆盖索引
一个索引包含（或者说覆盖）所有需要查询的字段的值
覆盖索引要存储索引列的值，只能用b-tree索引做覆盖索引（不能用哈希索引，全文索引等）
优点：
1. MyISAM存储引擎在内存中只存储索引，覆盖索引不需要进行系统调用；
2. innodb存储引擎的聚簇索引机制，二级主键如果能覆盖查询，可以避免对主键索引的二次查询；
索引和锁
索引可以让查询锁定更少的行，innodb只有在访问行时才会对其加锁，而索引可以减少innodb访问的行数，从而减少锁的数量；
但是，只有当innodb在存储引擎层能够过滤掉不需要的行时才有效，如果无法过滤，那么在innodb检索到数据并返回给服务器层，mysql才能应用where语句进行过滤，而innodb已经锁住了这些行，直到服务器层过滤完成后释放锁；
如：select actor_id from sakila.actor where actor_id < 5 (范围)and actor_id <> 1 (过滤) for update;
执行explain命令，显示type为range，表示mysql为该查询选择的执行计划是索引范围查询，即在存储引擎层只执行了actor_id < 5的条件，查询结果：2,3,4；而被锁定的数据行：1,2,3,4；
即使使用索引，也可能锁住一些不需要的行，但是不使用索引查找的话mysql会全表扫描并锁住所有的行。
原文：http://blog.51cto.com/13580976/2109313