PE脱壳后，文件长度一般会增大，原因有以下几点：
1、脱壳后，壳的尸体依然存在；
2、脱壳后，重新建立了新的Import节、Reloc节等；
3、有些加壳程序，将原程序的某些节跟外壳增加的某些节合并后，搬移到了其他位置。
4、脱壳时候，因为采用的是dump内存，所以，在内存中对齐的PE镜象一般也会大于原始的PE文件，各个节的dump实际尺寸也会较原始PE文件的实际尺寸大。
解决方案：
(1) 脱壳后，将各个有效的节分别转存到临时文件中。如：将“.text节，单独转存到一个text_tem.bin中”，其它节也是同样暂存到各个文件中，没有用的节（如壳尸体），抛弃掉。
(2) 首先将text_tmp.bin等节中没有用的多余部分去掉，一般是最后对齐的内存镜象的多余部分。可以通过2进制编辑器，查看最后部分，一般是全00的部分。
(3) 对应有多少个有效section，重新构造PE头，尽量做到最小。
(4)
重新构造PE：将新的PE头、.text、.Import、.Export、.Data、..reloc等一次连接起来到一个新的PE文件。如果为了尽量
缩小PE尺寸，连接前还可以考虑将某些节合并成一个节（如：将.Data,.Import,.Export,.Reloc等合并到一个节中）。
(5) 按照PE格式，调整新的PE文件。这个过程比较复杂，包括：
1、按照新的PE头中节的队齐要求对齐各个节的起始RVA
2、对于各个节中RVA相关的地方，根据新的PE头重新计算并调整。如
资源节中的各个RVA，Reloc中对应的重定位项，import和export中
的某些地址指针等。
3、按照文件对齐要求对齐新的PE文件。
(6) 测试新的PE，如果有错误，通过跟踪调试，重新执行第(5)步骤，直到正常运行。
对于(5)中调整相关的RVA，可以通过写一个工具完成，如计算调整资源节、Reloc节等，如果调整的比较好，新的PE一般跟原来的几乎一样，甚至会更
小。我曾经作过一些调整工具，可以将：资源节、Reloc节等自动调整，并可以搬移到新的PE的任何可用的节空余部分，这些工具写起来很简单，可以根据需
要自行编写，同时通过编写这些工具，可以大大增加对PE格式的认识。需要说明的是：大部分表（节）的起始地址一般要求双字边界的地址（即起始地址为4的整
数倍，如0x634b4有效，0x634b1-0x634b3无效），如资源表、Reloc表等。其他没有什么可注意的，只要细心就完全可以做到。
原文：http://www.cnblogs.com/milantgh/p/3861351.html