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perl脚本:cds序列转换为pep

时间:2018-08-12 11:07:56      阅读:281      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;

sub TranslateDNAFile(){
use Bio::SeqIO;
(my $infile,my $outfile)=@_;
  my $in=Bio::SeqIO->new(-file=>"$infile",-format=>"fasta");
  my $out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$outfile", -format=>"fasta");
  while (my $seq=$in->next_seq()){
  $out->write_seq($seq->translate);
}
}
my $DNAfile="in_cds";
my $pepfile="out_pep";
&TranslateDNAFile($DNAfile,$pepfile);

perl脚本:cds序列转换为pep

原文:https://www.cnblogs.com/erinaceinae/p/9462035.html

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