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Entrez Direct

时间:2018-11-02 10:08:47      阅读:140      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

安装

cd ~
/bin/bash
perl -MNet::FTP -e \
‘$ftp = new Net::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov", Passive => 1);
$ftp->login; $ftp->binary;
$ftp->get("/entrez/entrezdirect/edirect.tar.gz");‘
gunzip -c edirect.tar.gz | tar xf -
rm edirect.tar.gz
builtin exit
export PATH=${PATH}:$HOME/edirect >& /dev/null || setenv PATH "${PATH}:$HOME/edirect"
./edirect/setup.sh

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实例

esearch -db gene -query "SLC2A2" | efect -format gb > out.txt

 

Entrez Direct

原文:https://www.cnblogs.com/pxy7896/p/9894345.html

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