总结有两点：
1、如需添加jar包等附加库，可在待安装工具箱下，新建一个java文件夹，并将jar包等文件存放在里面，然后执行以下操作：
1）Create or open your preferences file:
edit(fullfile(prefdir,‘javaclasspath.txt‘)) % Matlab 2012b and newer
edit(fullfile(prefdir,‘classpath.txt‘)) % Matlab 2012a and older 2）Append these lines to your preferences file:
<before>
c:\pathToYourWorkspace\atmospheric\matlab\external\nctoolbox-20130305\java\protobuf-java-2.4.1.jar
2、将工具箱文件位置添加到Matlab路径下。这里添加的方式可以用如下图‘set path’的方式，也可以采用命令的方法。
原文：http://www.cnblogs.com/cumtb3S/p/3888555.html