小程序相当于是用HTML5+CSS+JavaScript和后端PHP/Java/nodejs等来开发，虽然wxml中可以插入wxs代码，但这其实也是JavaScript。小程序是基于浏览器内核的（但又有别于浏览器），所以程序代码也肯定只能是基于浏览器的脚本语言的，也就是JavaScript。
如果你说的是后台程序，这就没什么限制了，喜欢用什么就用什么，只要能接收到小程序的连接请求并按小程序要求的格式返回数据即可。当然微信官方是推荐用nodejs和php的。不过这跟小程序本身就没有直接关系了，因为开发普通APP的后台程序也是完全一样的。
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