??生物信息序列比对是生物信息学的重要研究方法，比对算法主要有:

1. Needleman-Wunsch 全局比对算法
2. Smith-Waterman 局部比对算法

??这两种算法我也是知其然不知其所以然，这里只记录算法流程不过他们都有【算法】最长公共子序列的影子。

1. Needleman-Wunsch 全局比对算法

??首先要建立罚分矩阵，按照惯例，这个矩阵一般是这样的：
\[ \left[ \begin{matrix} & A & C & G & T & 空\ A & 2 & -7 & -5 & -7 & -5\ C & -7 & 2 & -7 & -5& -5\ G & -5 & -7 & 2 & -7& -5\ T & -7 & -5 & -7 & 2& -5\ 空 & -5 & -5 & -5 & -5 & -5\ \end{matrix} \right] \]

【算法】生物信息序列比对

原文：https://www.cnblogs.com/yznnnn/p/10592511.html