完全复现的下面这个方法
http://www.360doc.com/content/16/1030/23/19913717_602657026.shtml
网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi
代码
# Version info: R 3.2.3, Biobase 2.30.0, GEOquery 2.40.0, limma 3.26.8 # R scripts generated Mon Mar 18 23:12:46 EDT 2019 ################################################################ # Differential expression analysis with limma library(Biobase) library(GEOquery) library(limma) # load series and platform data from GEO gset <- getGEO("GSE21815", GSEMatrix =TRUE, AnnotGPL=TRUE) if (length(gset) > 1) idx <- grep("GPL6480", attr(gset, "names")) else idx <- 1 gset <- gset[[idx]] # make proper column names to match toptable fvarLabels(gset) <- make.names(fvarLabels(gset)) # group names for all samples gsms <- paste0("00000000000000000000000000000000000000000000000000", "00000000000000000000000000000000000000000000000000", "00000000000000000000000000000000111111111") sml <- c() for (i in 1:nchar(gsms)) { sml[i] <- substr(gsms,i,i) }
。。。。。。可以用网页上生成的代码，再离线做你的GSE62254
注意：
还有一个程序， 那个是R语言，我觉得，运行不过去，在下载数据的时候下载不下来，可以改改，或者在线处理这些数据。
那样是外部验证，怎么带入模型呢？是不是也得改
https://www.jianshu.com/p/b879ad1ae240
以同样的方法对测试集数据及GSE62254数据筛选预后lncRNA模块实现内部及外部验证。（网页上是同样的方法吗？）
一直是这样
原文：https://www.cnblogs.com/mohuishou-love/p/10709283.html