packmol建模流程--分子动力学

一、建模流程（modelling procedure）：

1.美国数据库下载amc、cif文件

2.导入vesta转成pdb1文件

3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件 （1）测模型中心点的坐标，命令： set sel [atomselect top all] measure center $sel 中心点：1.5594003200531006 4.472419738769531 6.06.083080291748047 （2）X：-2.062 to 5.181 y：0 to 8.945 z：0 to 12.166

4.将pdb2文件和所需建模文件（如：water文件）， 一并放到有packmol.exe的文件夹里

5.写好inp文件

6.打开cmd，输入计算命令packmol.exe<xx.inp，即可得到所需模型的pdb3文件。

二、packmol建模流程的操作视频链接：

链接：https://pan.baidu.com/s/1rq3js1cvbMHBWWJXhu6-hA
提取码：xu08
复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦

packmol建模流程--分子动力学

原文：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10712294.html