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SRA|GEO|Taxonomy|Pubmed|MeSH|EBI|Uniprot|Human project|Ensembl|UCSC

时间:2019-09-11 19:29:18      阅读:83      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

生物医学大数据:

 

SRASequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for new discoveries by comparing data sets.

其中的reads是短reads,下机后得到的初级数据,是一次数据库,起到store的作用,该数据库最重要的是反应深度测序的reads counts,通过对reads count的检查可以得知高表达序列是哪些。

 

GEOGEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted. Tools are provided to help users query and download experiments and curated gene expression profiles.

起到对蛋白质表达注释情况的整合作用。

 

Taxonomy:Taxonomy (general) is the practice and science of classification of things or concepts, including the principles that underlie such classification.

常见搜索Humantxid9606[orgn]

 

Pubmed:医学文献检索

 

MeSH:存的是分类的term,这些term用于文献检索

 

My NCBI

 

美国数据库更倾向于机器注释,欧洲倾向于人注释。

 

EBI:欧洲的数据库

Uniprot:提供protein的功能和结构信息,这些注释信息是先自动注释,后手工注释。

 

Human project:它的巨大作用是提供一个Reference genome,这个参考并不需要在物理上是确凿无误的真正意义上的极点值,它的作用是作为其它基因组的参照系,提供其它基因组可以使用的相对位置。

 

Ensembl:综合了个体基因的不同实验测得的数据,并且根据一定的生物学原则进行整合和修正。

UCSC:综合了个体基因的不同实验测得的数据,但是只是客观的陈述出来,并不做任何判断。

 

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原文:https://www.cnblogs.com/yuanjingnan/p/11507751.html

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