选择一个可以用十年的系统,不要随意更换系统。系统的软件都不要用最新的,用次新的,就是稳定版!
让系统尽可能简单,不要随意添加无意义的内容。内核和编译器层面的的东西,自己不懂就不要乱动。
可以用mac,也可以用Linux,但是绝对不能用windows(在没有server的情况下)
jupyter
Rstudio
python
R - R本身好装,只是有很多包需要配置好环境才能装上,甚至环境不对永远装不上。
clang
gcc
java
系统、数据、代码最好要做到彼此独立。
就数据分析而言,jupyter秒杀其他一切工具。
chrome
office套装
iterm2 + 主题
filezilla
sublime
有道
artpip
slack
parallel
AI
Acrobat
spotify
印象笔记
grammarly
cytoscape
Google drive
Dropbox
Time machine
移动硬盘
1. 如何防止系统随时间变乱,变得不受控制?
变乱的主要原因就是会手贱,没事就喜欢装新东西上去玩,导致系统变得越来越乱,最终出现问题时无从溯源。
案例:在github上看见一个百度网盘的破解软件,装上后,前期确实能用,后面百度封了bug,最终卸载破解软件时才发现系统里面被修改了,此后系统里就隐藏了一个未知的bug。
教训:不要随便装一些未知软件,真的有可能对系统造成不可逆的伤害。
2. 如何防止文件越来越多,最终无法管理?
做科研,数据是不断积累的,结果也在不断积累,如果只是有数据就往里添,有结果就不断积累,那最终肯定会乱到无法管理。
而且多个项目之间的数据可能是交互的,这样就让代码更加难以管理。
策略:多思考,多整理,不常用的文档尽快打包整理,备份到历史库,不要再放在工作目录里。
常用Linux的一定要设置好bash,可以显著提高效率
复制粘贴的设置,选中复制,双击复制,邮件粘贴。
# 现在默认要用zsh,不想换可以忽略 export BASH_SILENCE_DEPRECATION_WARNING=1 # 在iterm标签显示信息 export PROMPT_COMMAND=‘echo -ne "\033];${PWD##*/} : macMini\007"‘ # PSII export PS1="\[\033[01;31m\]\u \[\033[00m\]\[\033[01;32m\]\h\[\033[00m\] \[\033[ 01;33m\]\t\[\033[00m\] \[\033[01;34m\]\w/ \n\[\033[00m\]$ " # export home="/Users/surgery/Project/HOME/1-projects/1.scRNA-seq/2-smart-seq" export githome="/Users/surgery/project/HOME" #export user="/ifs4/BC_RD/USER" #export app="/share/app" export script="$githome/myScript/RAW" export prj="/Users/surgery/Project" # use bash very frequently wd="/Users/surgery/project/work_dir" alias swd=‘pwd | cat - > $wd‘ alias wd=‘cat $wd‘ alias lt=‘ll -rth‘ alias qs=‘qstat‘ alias qsb="echo ‘qsub -cwd -l vf=5g -P HUMDnab -q bc.q‘" alias app="ssh software-install" alias cmd="vi $githome/CommonCMD" alias qj="qstat -j" #alias cgs="ssh lizhixin@hpcf.cgs.hku.hk -p 22" alias cgs="ssh lizhixin@hpcf2.cgs.hku.hk -p 22" alias gitpush="git add . && git commit -m ‘change‘ && git push" alias nb="jupyter notebook" alias cls=‘tput reset‘ alias egrep=‘egrep -G‘ alias fgrep=‘fgrep -G‘ alias grep=‘grep -G‘ alias l.=‘ls -d .* -G‘ alias ll=‘ls -l -G‘ alias ls=‘ls -G‘ alias vi=‘vim‘
其他问题:
发现Mac下主要再用clang而不是gcc来编译。那么Clang 比 GCC 好在哪里?
原文:https://www.cnblogs.com/leezx/p/11739079.html