画图的时候，排序是个很重要的技巧,比如有时候会看下基因组每条染色体上的SNP的标记数量，这个时候直接做条形图是一种比较直观的方法，下面我们结合实际例子来看下：
在R环境下之际构建一个数据框，一列染色体名称，一列统计数据。
1 chr<-paste("chr",c(1:18,"X","Y"),sep="") 2 set.seed(2) 3 num<-runif(20,100,5000) 4 df<-data.frame(chr=chr,num=num) 5 df
内容如下：
我们直接用基础绘图函数barplot()画图，染色体顺序是不会变化的：
1 barplot(t(as.matrix(df$num)),col="cyan",border = NA,names.arg = df$chr)
如果用ggplot2画图，染色体顺序就不是我们想要的了：
1 library(ggplot2) 2 ggplot(df,aes(y=num,x=chr,fill=chr))+geom_bar(stat = ‘identity‘)
我们可以利用factor进行因子排序，将顺序调整成我们需要的样子：
1 ggplot(df,aes(y=num,x=factor(chr,levels=(chr)),fill=chr))+ 2 geom_bar(stat = ‘identity‘)
或者其他形式，这里我把X，Y染色体提前：
1 ggplot(df,aes(y=num,fill=chr, 2 x=factor(chr,levels=(paste("chr",c("X","Y",1:18),sep="")))))+ 3 geom_bar(stat = ‘identity‘)
后续继续做其他调整，如图例顺序调整。
原文：https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/12039757.html