通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时候我们都需要设定e-value值。今天我们来学习一下利用HMMER来鉴定基因家族成员。
1 、利用软件HMMER进行模型搜索，
软件官网：http://hmmer.org/download.html ，主要用到hmmsearch,已经来自pfam数据库的隐马尔可夫模型。记住模型下载是在pfam数据库中，选择你自己需要的模型即可，如若没有你需要的模型怎么办呢，这时我们可以自己建立模型，请看图3后一行码。（所用到的数据都上传到网盘了，查看：http://132.232.42.33/?p=59）
2、在pfam数据没有模型的时候，我们可以利用clustalX2要比对的序列进行比对，然后会陈胜*.aln文件（注：该软件的目标文件必须在桌面才可以添加）。
下载桌面版本：hmmer3.0_windows，将下载下来的版本解压到桌面 文件准备，拟南芥蛋白组数据，来自pfam数据库的模型，模型是怎样确定的，请参考：http://132.232.42.33/?p=105
将蛋白文件，模型文件放到解压的hmmer文件中
图 1
修改模型文件f—>b：
图 2
win+R-->cmd>cd desktop-->cd hmmer3.0_windows如果你有Git的话，可以直接在该文件夹右键打开，也是一样的：
图 3
建立模型：
hmmbuild new.hmm *.aln模型搜索并保存为wrky.txt文件：
图 4
打开wrky.txt文件结果如下：
图 5
如上图就见wrky基因鉴定出来了，如果还要进行下一步分析鉴定。包括多个转录本的情况，任然需要进行手动鉴定。以防出现假。以后得分享我基本上都会把入手的数据全部上传。
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原文：https://www.cnblogs.com/smyang/p/12063907.html