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samtools中faidx索引格式

时间:2020-01-14 12:46:10      阅读:80      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

1、faidx格式

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第一列 NAME:     序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容;
第二列 LENGTH:   序列的长度, 单位为bp;
第三列 OFFSET:   第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行;
第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为bp;
第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外, 其他代表序列的行的长度, 包括换行符, 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2;

samtools中faidx索引格式

原文:https://www.cnblogs.com/djx571/p/12191112.html

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