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picard报错(Too many open files)

时间:2020-03-14 15:24:10      阅读:116      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

最近使用picard时出现如下报错,记录一下

java.io.FileNotFoundException: (Too many open files)

运行代码如下:

    java -jar picard.jar MarkDuplicates I=L-pool.A10.sort.rg.bam O=L-pool.A10.mark.dup.bam M=L-pool.A10.mark.dup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=SILENT

解决办法

增加参数即可MAX_RECORDS_IN_RAM=1000000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=1000

    java -jar icard.jar MarkDuplicates I=L-pool.A10.sort.rg.bam O=L-pool.A10.mark.dup.bam M=L-pool.A10.mark.dup.metrics VALIDATION_STRINGENCY=SILENT MAX_RECORDS_IN_RAM=1000000 MAX_FILE_HANDLES_FOR_READ_ENDS_MAP=1000

picard报错(Too many open files)

原文:https://www.cnblogs.com/raisok/p/12492217.html

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