conda简介:一个开源的软件包管理和环境管理系统,可在Windows,macOS和Linux下运行,通过连接服务器可以获取指定的软件包文件以及安装所依赖的各种软件包,有众多的储存库(channels),每个库里包含特定类型的软件以及安装方法,生信主要使用bioconda储存库,储存了众多生物学相关软件。
安装注意:
1.由于conda软件安装包很大,推荐安装miniconda,根据python版本分为miniconda2与miniconda3,推荐miniconda3。安装过程无需root权限
2.安装过程需键盘交互,按需输入回车,yes等,最后必须输入yes,以添加环境变量对miniconda初始化默认安装目录为/Miniconda3
3.通过conda安装软件时需指定channels才能通过channels进行安装软件
4.软件安装默认进入base环境,miniconda3/bin/添加进环境变量
环境相关命令:
列出已有环境:conda env list
新建环境: conda create --name biosoft
进入环境: source activate biosoft
退出环境: source deactivate
安装软件: conda install softname
查找软件: conda search softname
(1)下载miniconda
wget --no-check-certificate https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
(2)安装miniconda
bash 下载路径
(3)更新环境变量
source ~/.bashrc
(4)conda help
conda --help
(5)创建环境
conda create --name biosoft
(6)进入环境
conda activate biosoft
(7)安装perl-bioperl
conda install -c bioconda perl-bioperl
(8)检查安装是否成功
perldoc -m Bio::SeqIO
原文:https://www.cnblogs.com/wangyu1998/p/12990063.html