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现学现记的知识-WGCNA(一)

时间:2020-07-04 18:20:51      阅读:39      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

wgcna--Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA)

 

做任何一个分析,要明白为什么分析,步骤是什么。

首先,学习wgcna要明确它的目的是什么。

寻找协同表达的基因模块,寻找性状和模块之间的关系。

 

看到这里呢,一定要明确wgcna分析是一个纯粹的数据处理过程,只不过解释了生物学问题。

先来一个官方的网址:

https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/

安装方法以及说明都在该网站上,如果做wgcna的话,最好是好好看看这个网站的内容。

简单介绍一下分析的几个步骤:

分析的数据来源可以是rnaseq的数据,如基因的表达量。

第一,建立基因之间的关系矩阵。

第二,建立邻接矩阵,建立无尺度网络(有没有大神给说一下无尺度网络是啥,怎么提出的这个概念)

第三,建立TOM矩阵

第四,鉴定基因模块

第五,加入表型,进行相关分析,找到与表型相关的模块。

 

现学现记的知识-WGCNA(一)

原文:https://www.cnblogs.com/pyx2020/p/13235722.html

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