wgcna--Weighted Gene Co-Expression Network Analysis (WGCNA)
做任何一个分析,要明白为什么分析,步骤是什么。
首先,学习wgcna要明确它的目的是什么。
寻找协同表达的基因模块,寻找性状和模块之间的关系。
看到这里呢,一定要明确wgcna分析是一个纯粹的数据处理过程,只不过解释了生物学问题。
先来一个官方的网址:
https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/
安装方法以及说明都在该网站上,如果做wgcna的话,最好是好好看看这个网站的内容。
简单介绍一下分析的几个步骤:
分析的数据来源可以是rnaseq的数据,如基因的表达量。
第一,建立基因之间的关系矩阵。
第二,建立邻接矩阵,建立无尺度网络(有没有大神给说一下无尺度网络是啥,怎么提出的这个概念)
第三,建立TOM矩阵
第四,鉴定基因模块
第五,加入表型,进行相关分析,找到与表型相关的模块。
原文:https://www.cnblogs.com/pyx2020/p/13235722.html