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Materials_Studio_8.0并行计算

时间:2020-08-27 09:34:49      阅读:229      评论:0      收藏:0      [点我收藏+]

Materials Studio是ACCELRYS公司在化学和材料领域设计的专业仿真软件,模拟的内容主要是催化剂、聚合物、固体及表面、晶体与衍射、化学反应等材料等领域;
在Materials Studio7.0 同样测试通过;

  

一、基础环境

1、主机名和IP
控制节点:192.168.1.11 m1
计算节点:192.168.1.12 c1
计算节点:192.168.1.13 c2
控制节点需要配置免SSH登陆到其他节点


2、主机配置
系统: Centos7.6 x86_64
CPU: 4C
内存:4G
软件:Materials Studio 8.0


二、配置Materials Studio

1、安装依赖

# yum install -y glibc.i686 compat-libstdc++-33 redhat-lsb libstdc++.i686

 

2、安装MS8

# tar zxvf MaterialsStudio80.tgz
# cd MaterialsStudio80/
# ./install --installroot=/data/msi
备注:全部下一步;其中data目录是NFS,其他节点都是NFS挂载到data目录;

 


3、安装MS许可
修改msi.lic文件中的this_host为主机名

# /data/msi/LicensePack/linux/bin/lp_install msi.lic

 

4、管理环境变量(所有节点都需要)

# echo >> /data/msi/LicensePack/etc/lp_profile >> ~/.bashrc
# source /data/msi/LicensePack/etc/lp_profile

 

5、修改各节点机器名和CPU数

# vim /data/msi/MaterialsStudio8.0/share/data/machines.LINUX
m1:4
c1:4
c2:4

 

6、配置系统可用的CPU总数

# /data/msi/MaterialsStudio8.0/etc/Gateway/config/configure edit cpucorestotal=12

 

7、DMol3测试

# /data/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh -np 12 inputfile
inputfile是你的输入文件,根据自己的文件名修改,不需要扩展名

 

8、Slurm作业脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --output=job.%j.out
#SBATCH --error=job.%j.err
#SBATCH --nodes=3
#SBATCH --ntasks-per-node=4
RunMS="/data/msi/MaterialsStudio8.0/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh"
inputfile=TiO2
$RunMS -np $SLURM_NTASKS $inputfile

 

Materials_Studio_8.0并行计算

原文:https://www.cnblogs.com/liu-shaobo/p/13566190.html

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