omop cdm数据质控

1 安装R与package

• 安装R环境

使用如下命令安装并启用 EPEL （如果已经安装过则忽略）

yum install epel-release

使用如下命令安装R

yum install R

• 安装DatabaseConnector包

OHDSI开源项目，R包，提供连接数据库方法，可连接各种数据库，直接从镜像安装

github地址https://github.com/OHDSI/DatabaseConnector

install.packages("DatabaseConnector")

• 安装DataQualityDashboard包

OHDSI开源项目，R包，用于CDM数据质控，目前支持OMOP CDM v5.3.1 与 v5.2.2版本质控，其他CDM需要修改源码与csv等配置文件

github地址https://github.com/OHDSI/DataQualityDashboard

install.packages("devtools")

devtools::install_github("OHDSI/DataQualityDashboard")

2 配置文件

从github获取DataQualityDashboard项目源码，打开extras/codeToRun.R脚本文件，填写配置信息，然后使用Rscript执行，或者在R环境下依次执行

• 数据库连接配置

• 数据库名称

需质控的cdm数据库、用于输出结果的数据库（可为空）、cdm名称（用于识别）

• 线程数

• 输出（并执行？）sql

• 日志与结果（results.json）地址

• 日志类型（控制台实时输出？）

• 结果是否写入数据库表

• （可选）使用Amazon Redshift（数据仓库）时配置

• 质控级别（表、字段、concept）

• 质控项目（默认所有）

包括表、字段、concept三个级别，约20个项目，如字段非空、主键、外键、值合理性等，在inst/csv/ OMOP_CDM_v5.3.1_Check_Desciptions.csv下可查看具体项目。同目录下Table_Level.csv、Field_Level.csv、Concept_Level.csv文件，可查看每个质控项目详细规则

• 不进行质控的表（默认不排除）

• 执行质控（必须完成前面的所有配置）

• （可选）日志检查（需安装shiny）

• （可选）质控结果输出到数据库表

前面writeToTable设置为true即可自动写入，若没有配置，这里可手动执行

3 质控结果

• 执行

codeToRun.R中配置内容可在R环境中分步执行，或者执行脚本

Rscript codeToRun.R & > codeToRun.log &

• 输出结果

日志与质控结果输出到“outputFolder”路径，结果输出格式为results_*.json文件，同时写入到“resultsDatabaseSchema”数据库中表中

注意：执行过程中，可能报错 Error in `$<-.data.frame`(`*tmp*`, " DQD_VERSION ", value = "1.0.0") : replacement has 1 row, data has 0，这是因为cdm数据库中，cdm_souce表为空（该表主要存储cdm版本等元数据信息，会一起输出到结果，用于结果展示），而空数据集无法增加新列并赋值，因此源码中执行到metadata$DQD_VERSION语句就会报错

4 结果展示

• 使用Shiny App方式（有报错xdg-open，未解决）

DataQualityDashboard::viewDqDashboard(jsonPath = file.path(getwd(), outputFolder, cdmSourceName, sprintf("results_%s.json", cdmSourceName)))

• 使用web server方式

安装http-server

npm install -g http-server

进入inst/shinyApps/www目录下，将质控结果results_*.json重命名为results.json（或者将index.html中results.json替换为results_*.json），启动服务即可

http-server

浏览器打开地址http://服务器地址:8080即可查看结果

5 源码分析

源码文件为R/execution.R，主要方法为executeDqChecks，详细内容如下

omop cdm数据质控

原文：https://www.cnblogs.com/ohmyuan/p/13707305.html