1、事务
InnoDB支持事务，MyISAM不支持，对于InnoDB每一条SQL语言都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条SQL语言放在begin和commit之间，组成一个事务；
2、外键
InnoDB支持外键，而MyISAM不支持。对一个包含外键的InnoDB表转为MYISAM会失败；
3、索引类型
InnoDB是聚集索引，使用B+Tree作为索引结构，数据文件是和（主键）索引绑在一起的（表数据文件本身就是按B+Tree组织的一个索引结构），必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。
MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作为索引结构，索引和数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
也就是说：InnoDB的B+树主键索引的叶子节点就是数据文件，辅助索引的叶子节点是主键的值；而MyISAM的B+树主键索引和辅助索引的叶子节点都是数据文件的地址指针。
4、全表扫描
InnoDB不保存表的具体行数，执行select count(*) from table时需要全表扫描。而MyISAM用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量即可，速度很快（注意不能加有任何WHERE条件）；
5、全文索引
Innodb不支持全文索引，而MyISAM支持全文索引，在涉及全文索引领域的查询效率上MyISAM速度更快高；PS：5.7以后的InnoDB支持全文索引了
6、压缩后进行查询操作
MyISAM表格可以被压缩后进行查询操作
7、表、行(默认)级锁
InnoDB支持表、行(默认)级锁，而MyISAM支持表级锁
8、主键
InnoDB表必须有主键（用户没有指定的话会自己找或生产一个主键），而Myisam可以没有
9、Innodb存储文件有frm、ibd，而Myisam是frm、MYD、MYI
Innodb：frm是表定义文件，ibd是数据文件
Myisam：frm是表定义文件，myd是数据文件，myi是索引文件
5. Innodb不支持全文索引，而MyISAM支持全文索引，在涉及全文索引领域的查询效率上MyISAM速度更快高；PS：5.7以后的InnoDB支持全文索引了
6. MyISAM表格可以被压缩后进行查询操作
7. InnoDB支持表、行(默认)级锁，而MyISAM支持表级锁
原文：https://www.cnblogs.com/Jomini/p/13886802.html